溫度控制除了度，還有一個廠家喜歡大力宣傳的指標(biāo)——升降溫的速度。更快的升降溫速度，可以縮短反應(yīng)進(jìn)行的時間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合、反應(yīng)的時間，能提高PCR反應(yīng)煌特異性。因此從本質(zhì)而言溫控方式就從以前相對穩(wěn)定耐用的機(jī)械式轉(zhuǎn)向了升降溫更快速的半導(dǎo)體。除了機(jī)械本身的原因，影響升降溫速度的還有制作承托樣品管的基座模塊的材料的導(dǎo)熱性。

現(xiàn)在的羅氏定量PCR儀一般具有兩種溫控模式，即模塊溫控模式（Block-control）和反應(yīng)管溫控模式）（tube-control）。在模塊溫控模式下，機(jī)器根據(jù)探se器直接探se的溫控模塊（即承載樣品的金屬臺）的溫度進(jìn)行控制，這種模式適用于長時間的靜態(tài)孵育（如連接、酶切、去磷酸化等）。反應(yīng)管溫控模式實(shí)際上是一種模擬試管/PCR板的溫控模式，根據(jù)探se器所探測到的溫控模塊的溫度由計(jì)算機(jī)計(jì)算出管內(nèi)/PCR板孔內(nèi)樣品液的溫度來進(jìn)行控制。一般說來，試管溫控更為準(zhǔn)確，因?yàn)楣軆?nèi)樣品的溫度無法與溫控模塊同時達(dá)到預(yù)設(shè)溫度。特別是PCR反應(yīng)中的孵育過程一般都很短暫（30秒或更短），如果采用只有模塊溫控模式的話，反應(yīng)混合物孵育的時間與程序設(shè)定的時間會有相當(dāng)大的差距。而反應(yīng)管控制的算法能自動補(bǔ)償時間，而且適合各種類型的反應(yīng)管，確保反應(yīng)混俁物按照程序設(shè)定的時間維持預(yù)設(shè)溫度。

有的羅氏定量PCR儀廠家推出了另一種溫控方式；熱敏電極溫控模式。該方法將一個熱敏電極插入一個專門的測量管中（管中裝有礦物油），反應(yīng)進(jìn)行時，將該測量管插入溫控模塊的樣品進(jìn)行檢測。他們認(rèn)為通過此途徑可以監(jiān)測反應(yīng)管內(nèi)樣品的實(shí)際溫度，但這種方法未免有些華而不實(shí)；（1）測量管中礦物油的溫度變化與實(shí)際反應(yīng)樣品的溫度變化未必一致；（2）因?yàn)闇y量管必須占用一個樣品孔，所以使用該溫控方式時就無法使用96孔PCR板作實(shí)驗(yàn)。